Sintoma:

As formas de envio estão selecionadas no Modelo de cadastro de pedidos para serem incluídas nos pedidos, mas não estão sendo incluídas nos e-mails nem nos pedidos.
 
Solução:

Verifique se você selecionou as formas de envio para não serem incluídas nas vendas para determinados sites.
Essa configuração deve ser feita com ATENÇÃO, pois só devem ficar selecionados os sites onde você NÃO QUER que elas sejam incluídas.

Se você selecionar todos elas não serão incluídas em pedido algum.

Altere as formas de transporte e DESMARQUE os sites onde as formas de envio DEVEM ser incluídas.
 
 

Entre em Formas de transporte, no Painel de configurações:

2.	Clique em Painel de configurações na Barra de ferramentas lateral.

3.	Dê um duplo clique em Formas de transporte.

Definindo os sites de exclusão

2.	Entre na aba Sites e selecione APENAS os sites onde esta forma de envio NÃO DEVE ser incluída:

Obs: Essa alteração só terá efeito para as novas vendas cadastradas depois que a alteração foi feita.